Ginneken is ontstaan als nederzetting aan de Mark. De eerste brug over de Mark te Ginneken werd pas in 1611 aangelegd. Vanaf omstreeks 1760 werd deze de Duivelsbrug genoemd. In 1317 werd Ginneken een zelfstandige parochie, die afgesplitst werd van de parochie van Gilze. Ginneken was een heerlijkheid binnen de Baronie van Breda. Een schepenbank werd ingesteld in 1328. In 1795 werd Ginneken een municipaliteit en in 1814 werd deze, samen met Bavel, omgevormd tot de gemeente Ginneken en Bavel. Het plaatsje zou omstreeks 1900 vooral een toeristische functie innemen, waar men veel hotels en pensions aantrof. Dit kwam doordat het dal van de Mark en het nabijgelegen Mastbos zeer aantrekkelijk waren. In 1904 werd een watertoren gebouwd, die echter in 1948 weer werd afgebroken. In 1913 werd het Sint-Laurentsgesticht opgericht, aan de Ulvenhoutselaan. Dit werd opgeheven in 1993. In 1923 vestigde zich de Stichting Moederheil te Ginneken, dit is in 1972 voortgezet als Instituut Valkenhorst.
Gemeente Ginneken en Bavel
Bij het begin van de Franse of Bataafse tijd (1795 tot 1813) werd Ginneken een municipaliteit. In 1814 ontstond na samenvoeging met Bavel de zelfstandige gemeente Ginneken en Bavel. Deze gemeente bestond naast de dorpen Ginneken en Bavel uit Ulvenhout, Galder en Strijbeek en het boerderijdorp Heusdenhout.
Annexatie door Breda
Vestingwerken rond Breda verdwijnen
In de late middeleeuwen hoorden de landelijke gebieden ten oosten van Breda bij de stad, maar in feite werden ze bestuurd vanuit Teteringen. De westelijke gronden vielen onder de heerlijkheid De Hage, min of meer een voorganger van de gemeente Princenhage. Toen Teteringen zich in 1795 onafhankelijk verklaarde van Breda, zat de stad tussen deze twee landelijke gemeenten ingeklemd. Tot 1870 had Breda daar niet veel last van, want het was omringd door vestingwerken: wallen en grachten. Maar het moderne oorlogsmaterieel liet zich niet meer tegenhouden door muren en grachten. Daarom werden in 1870 de wallen geslecht en de grachten gedempt. Breda keek nu letterlijk uit op de omringende gebieden en de uitpuilende stad had behoefte aan bouwgrond van de omliggende gemeenten. De eerste annexatieplannen dateren al uit die tijd, maar werden afgekeurd.
Ginneken had daar niet veel mee te maken. Het dorp maakte deel uit van de gemeente Ginneken en Bavel (met verder Ulvenhout, Galder, Strijbeek en Heusdenhout) en grensde niet direct aan Breda. Het gebied ten noorden van Ginneken, ongeveer vanaf de huidige Saksen Weimarlaan/Zandbergweg tot aan de singel, behoorde namelijk tot Teteringen.
Breda rond 1900: na het slechten van de stadswallen lag de stad ingeklemd tussen grote landelijke gemeenten
Op 1 januari 1942 werd het dorp Ginneken, onder invloed van de bezetter, geannexeerd door Breda. De rest van de gemeente Ginneken werd de gemeente Nieuw-Ginneken.
Hier liep 't Leike, Ginnekens grens,
Zelfstandig zijn en blijven was de wens.
Doch de Zuidelijke opmars vorderde gesta,
en op 1 januari 1942 werd 't Ginneke voorgoed Breda
Op 22 december 2011 heeft de gemeenteraad van Breda het dorpswapen voor Ginneken en een aantal andere plaatsen in de gemeente vastgesteld. Het dorpswapen is gelijk aan het wapen van de voormalige gemeente Nieuw-Ginneken.